菌种原意是指孢子(相当于植物的种子) ,但在实际生产中,常将经过人工培养的纯菌丝体连同培养基质一同叫做菌种.
菌种的类型在生产中根据菌种的来源,繁殖代数及生产目的,把菌种分为母种,原种和栽培种.分别叫一级种,二级种,三级种.
母种:将纯菌丝体或孢子在试管培养基中繁殖而成.可以繁殖原种,也适宜菌种保藏.
原种:母种菌丝在固体培养基上繁殖而成.这一过程增强菌丝对培养环境的适应性,又起到扩繁的作用.原种可以直接出菇.
栽培种:由原种扩繁而成.主要是为了扩繁,为生产提供足够的菌种.

食用菌种是需要专人保管的，保管员需要一定的微生物专业知识和技术水平，菌种应在专业的医用冰箱中储存，储存菌种的医用冰箱不得放入易挥发药物及其他物品